1、甲板致密性：甲板由180层角蛋白组成，总厚度只有0.5毫米，非常致密，一般药物难以穿透甲板，不能彻底杀灭甲板下的真菌。
2、真菌多样性:已知29种真菌（13种皮肤癣菌，10种酵母菌和6种霉菌）都能入侵甲板，感染灰指甲。
3、药物局限性：绝大部分药物，都不能抑制所有真菌生长。
4、真菌休眠体（孢子）不敏感性：常规药物往往只能杀死真菌菌丝，无法杀死处于静止休眠状态的真菌体（孢子），它潜伏期长，一旦用药结束后，甲板在适宜的环境下，它便会萌发、生长、繁殖，造成久治不愈。
5、病甲复杂性：部分病甲的甲板下面有癣菌瘤，抗真菌药物不能有效穿透，难以杀灭瘤内真菌。
6、时间随意性：没有按足够疗程治疗，看到病甲在好转，就过早停药，影响疗效。
7、治疗单一性：只治疗灰指甲，手足癣没有同时治疗或治疗不彻底，鞋袜也未消毒。